将军府初建于康熙年间，最初是为迎接康熙皇帝东巡而建的行宫，位于尚仪街南(今吉林建制博物馆所在地至越山路南口)，街北则是清朝在吉林地区的最高军政官署、将军履行其职责并发号施令的权力中心——吉林将军署。据《吉林通志》记载:“土人相传云，康熙年间东巡，建为行宫”，可推断该行宫至迟于康熙二十一年(1682年)前已建成。康熙皇帝在第一次东巡时，于三月二十五日抵吉林乌拉城，四月七日返京归程，除五六日时间在打牲乌拉(现乌拉街满族镇)活动外，其余时间在吉林乌拉城时驻跸于该行宫。康熙三十七年(1698年)，康熙再次东巡，九月二十六日到达吉林乌拉城，此后在吉林乌拉城的四天里，康熙一直于此处驻跸。后来康熙皇帝将此处行宫赐予吉林将军，遂成为将军府。《吉林通志》载，将军府“后一室曰太和宫，五楹。东西并有翼室，为恭奉神御之所，避不敢居”，因皇帝曾居住于东西翼室，后人避讳不敢再居住于此。
《吉林通志》卷二十五《舆地志十三·廨署》对将军府的记载
乾隆十八年(1753年)，为迎接乾隆东巡，将军府得以重修，至乾隆十九年(1754年)八月初七，乾隆抵达吉林城，在吉林乌拉城停留三日，以将军府为行殿。乾隆三十年(1765年)，将军府遭遇火灾，乾隆三十五年(1770年)重建，但“屋未具”，即工程没有完全竣工，此后的修缮情况史书未见详载。
光绪十六年(1890年)，吉林城再遭大火，火灾共烧毁官民房屋2500余间，将军府亦未能幸免。时任吉林将军长顺下令按照原貌重建。据《吉林通志》卷二十五《舆地志十三·廨署》记载，重建后的将军府，在太和宫之后，有后屋七楹，“以居幕宾。翼室共六楹，堂左右为文武巡捕厅，堂下东偏为官厅，西书记室。前仪门，门左右房为督办文案处。又前大门榜曰‘将军府’。东为边防营，再东为吉胜营，西为发审局办案处。由大门折而西，即发审局员听事之所。稍后有官厅三楹，其西偏为六科房，界以板垣。内为花厅七楹，北向。南为客厅五楹，介其间。西向之室三楹，内室五楹，在客厅后。东西厢各三楹。府东南隅有大土阜并庙三楹，合祀群神之所。马厩、车棚、庖厨、更房之属毕具。东西辕门各一，障以照壁。门东偏旧有瞰江楼数楹，颇擅登眺之胜。壁上题咏殆遍，今未修复。”《吉林市志·城市建筑志》记载，将军府占地1.8万平方米，建筑面积约1800平方米，有房屋64楹，可见规模宏大。
直到光绪三十三年(1907年)，清廷裁将军设巡抚，吉林将军一职随之废止。吉林巡抚衙门未另择新址，而是移至江边，将原吉林将军府改建为办公驻地;而旧的吉林将军署建筑则改为度支司(职能相当于吉林省财政厅)使用。至此，吉林省的权力中心正式迁移至原吉林将军府所在地。
1931年吉林省政府平面全图 出自《永吉县志》
宣统三年(1911年)，吉林城内一家饭馆失火，殃及官署民宅2458户、烧毁房屋约万间，已作为巡抚衙门的将军府旧建筑也毁于火灾。后于原址重建，至1913年民国时期，该处改称为“吉林行省公署”，之后又改称过巡按使公署、省长公署等称呼。1929年2月，按《永吉县志》卷十五《舆地志六·廨署上》记载，“省政府在城南江沿，民国十八年(1929年)二月一日成立公署”，在此地正式成立“吉林省政府”，其办公衙署称为“公署”。此时该建筑称为吉林省政府。公署的建筑布局按《永吉县志》卷十六《舆地志六·廨署下》记载，为“中建楼房，四周为民政厅及所属各科。西院昔为督办住宅，今则总司令兼主席居之。东院为司令部所属各局、各处及亲军马步队居之。东西两辕门外，昔为官署与民宅，今为十五师营、连各部所占。”西院临江处在伪满时期改建为伪吉林省警务厅办公楼。
摄于1913年的吉林行省公署 出自《吉林旧影》
1948年3月9日吉林市解放，此处成为吉林省人民政府驻地。《吉林市志·城市建筑志》记载:“进南大门为前院，正北高台上为1953年新建的混合结构4层办公楼(今为市政府主楼)”。1954年9月1日省政府迁往长春市，9月27日吉林市人民政府迁入，此处成为吉林市人民政府所在地。
2024年，吉林市为推动“博物馆之城”建设，将原伪警务厅办公大楼(吉林市人民政府的办公区的一部分，政府主楼西侧临江处)改建为吉林建制博物馆，专门展示城市建制历史。
将军府与吉林城风雨同舟，历经兴修、火灾、重建与制度更迭，它不仅是一片建筑群的变迁史，更深度参与了吉林从军事要塞迈向现代城市的构建过程。这片建筑群最初为迎接康熙东巡而建，作为帝王行宫;后赐予吉林将军，成为将军的私人府邸及办公场所;至1907年，清廷施行东三省行省制，原将军府被改为吉林巡抚衙门，正式成为吉林省最高行政衙署，此处又先后作为吉林行省公署、巡按使公署、省长公署和吉林省政府所在地，持续承担全省军政中枢职能，深刻影响了吉林城的空间结构与功能分区。新中国成立后，此处先后成为省、市政府所在地。如今，这座承载数百年历史的建筑群又“飞入寻常百姓家”，其部分建筑作为博物馆融入市民的文化日常。将军府以其深厚的历史底蕴，向每一位来访者娓娓道来吉林城从军府治所到行省都会的独特发展脉络，从行宫、将军府邸，到巡抚衙门、省府、市府、博物馆，它的每一次转身，不仅是建筑功能的更替，更是一部无声的城市建制史，静静矗立于时光之中，延续着历史与未来的对话。（作者：王淏）
来源：吉林地方志办公室